Une étude originale publiée le 28 novembre 2025 dans Nature Communications a porté sur 3 417 prélèvements recueillis entre 2019 et 2023 en Éthiopie, au Mozambique, au Nigeria et en Tanzanie.
Les chercheurs ont associé culture bactérienne, séquençage du génome entier et métagénomique, qui analyse l’ADN d’un mélange de micro-organismes. Ils ont notamment étudié 380 génomes bactériens de qualité et 139 échantillons métagénomiques.
Des bactéries génétiquement proches ont été retrouvées dans des sources distinctes. Ces observations soutiennent l’intérêt d’une surveillance reliant humains, animaux, aliments, eau et environnement : l’approche « Une seule santé » (One Health).
Ces similitudes ne prouvent toutefois pas une transmission directe. Les deux méthodes portaient surtout sur des lots distincts ; les résultats de quatre pays ne décrivent pas la situation au Maroc.
Pour la vigilance sanitaire, la piste est concrète : mieux cibler les prélèvements et croiser les données des laboratoires et du terrain. La génomique complète l’enquête épidémiologique ; son bénéfice opérationnel doit encore être évalué dans chaque contexte.